Si bien desde la llegada de los españoles al actual territorio de Chile se han tenido estimaciones más o menos fiables del volumen de población indígena, solo a inicios del siglo XX se comenzó a censar a los aborígenes confiable y sistemáticamente. Según los resultados del censo de 1907, se determinó que había 101 118 indígenas en Chile, equivalentes al 3,12% de la población total del país en ese año —3 231 022—,12 concentrados preferentemente en las provincias de Cautín y Valdivia. Este número excluyó a los pueblos aborígenes del norte, de Rapa Nui y del extremo austral, pues solo contabilizó a la población indígena de Arauco a Llanquihue.
En la actualidad, existen en Chile pueblos aborígenes reconocidos oficialmente por el Estado. Según el censo de 2002, el 4,58% de la población chilena, 692 192 personas de 14 años o más,2 se declaró indígena1 y perteneciente a uno de los ocho grupos étnicos reconocidos en la legislación de entonces14 —en mayo de 2008, se añadió a la comunidad diaguita, la cual se contabilizará por primera vez en el censo de 2012—.15 Del total de la población aborigen, el 87,31%, se declaró mapuche; el 7,01%, aimara; el 3,04%, atacameño; el 0,89%, quechua; el 0,67%, rapanui; el 0,46%, kolla; el 0,38%, kawésqar y el 0,24%, yagán.
El número total de indígenas considerado en el censo de 2002 significó una reducción de casi un 30% del total declarado en el censo de 1992, en el que solo se consideraba la pertenencia a las etnias mapuche, aimara y rapa nui, contabilizando 998 385 personas mayores de 14 años pertenecientes a algunas de esas tres culturas originarias.
Otros grupos desaparecieron por la aculturación y la absorción misma resultante del mestizaje, como los pueblos aonikenk, caucahue, chango, chono, cunco y picunche, mientras que un elevado número de selknam desapareció por el exterminio que los colonizadores de Tierra del Fuego llevaron a cabo a comienzos del siglo XX. Otros factores que contribuyeron a su extinción fueron las enfermedades contraídas del hombre blanco, principalmente la viruela, y el alcoholismo.
Según estudios genéticos, ya no existen poblaciones indígenas puras en el país.